Ржавчина. На верхних листьях льна появляются оранжевые, пылящие кучки летних спор. Грибница разрастается внутри стебля и портит волокно, делая его ломким. Несколько позже появляются зимние споры в виде черных пятен и наростов. Попадая в семена, они вносятся при посеве в почву и заражают лен. Меры борьбы — протравливание семян в формалине.
Увядание льна. Молодые всходы льна внезапно вянут и поникают. Завядшие растения начинают затем гнить. У взрослого льна болезнь вызывает сперва пожелтение, потом также увядание и побурение, и растение гибнет. У основания увядшего стебля обнаруживаются красноватые скопления спор грибка, вызывающего болезнь. Грибок распространяется в почве и держится в зараженном месте в течение нескольких лет.
Меры борьбы с грибком льна: протравливание семян формалином. Выдерживание и сжигание больных растений. Кроме того, необходимо ввести такой севооборот, при котором лен не возвращался бы на прежнее место ранее 7 лет.